Temeroso a que más adelante pudiera ser desaforado para enfrentar las investigaciones en su contra por parte de la Procuraduría General de la República, el diputado local Juan Manuel del Castillo, consiguió ser parte de la Comisión Instructora, y desde ahí frenar cualquier acción en su contra.
Al realizarse una modificación en la integración de las comisiones, el legislador priista y ex secretario particular de Javier Duarte de Ochoa, buscó afanosamente ser parte de la Comisión Instructora, que es la instancia encargada de analizar los desafueros.
Su compañero Armando López Contreras era quien ocupaba un lugar dentro de la Comisión Instructora, pero como parte del reacomodo en la integración de las comisiones, Juan Manuel del Castillo solicitó estar en la misma, y con ello estar en condiciones de frenar cualquier intento de desafuero que pudiera haber en su contra.
Cabe recordar que Juan Manuel del Castillo fue mencionado por la PGR dentro de la carpeta de investigación en contra de Javier Duarte por los delitos de delincuencia organizada, pues conforme a las diligencias, el diputado local siempre tuvo conocimiento de la existencia de las empresas fantasma, e incluso se encargaba de realizarles los pagos.
Esto lo hizo tanto como secretario particular de Javier Duarte, como después al ocupar el cargo de subsecretario de Administración y Finanzas, donde demostró torpeza al no conseguir realizar la totalidad de los pagos, de acuerdo a la investigación de la propia PGR.
